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文章标签:SEQ  对齐  fast  align  acc  
align BS-Seq reads and extract methylation without intermediate temp files

  • 源代码名称:bwa-meth
  • 源代码网址:http://www.github.com/brentp/bwa-meth
  • bwa-meth源代码文档
  • bwa-meth源代码下载
  • Git URL:
    git://www.github.com/brentp/bwa-meth.git
  • Git Clone代码到本地:
    git clone http://www.github.com/brentp/bwa-meth
  • Subversion代码到本地:
    $ svn co --depth empty http://www.github.com/brentp/bwa-meth
    Checked out revision 1.
    $ cd repo
    $ svn up trunk
  • bs序列的快速和accurante对齐。

    从2016-08-18开始,bwa将sam输出到标准输出。 由用户来转换为 bam 。 这意味着--prefix和--calmd标志已经消失了。

    更新 2016

    bwa-meth 仍然是( 如果不是,那就是) 序列的最佳 aligners 。 虽然它相当稳定,但我仍将继续支持 bwa-meth --fixing的对齐部分,任何 Bug 或者更新都需要。

    现在有几个( 更好) 选项,比如在这里提供的数据表和 for,这样就不能进一步发展了。

    对于制表。偏移和打印,使用 MethylDackel

    对于SNP调用( 更现代的BisSNP ),使用 cookie 。

    介绍

    这对于单端读取和从定向协议 ( 最常见的)的读端读取工作 works 。

    采用methylcoder和Bismark的方法,在电子中,分别对c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。c 。

    通过将原始读( tabulate甲基化需要) 附加为注释来恢复原始读,作为标记,将bwa附加到读取的。

    对目标aligners区域的捕获方法进行目标读取和关闭目标读取,对现有的进行优化。 某些目标区域可能会被丰富,但是所有aligners都受到同样的假设。 见手稿:http://arxiv.org/abs/1401.1129 详细信息。 最佳的左对齐是左上角。 通过改变使用它的alingers的映射质量截断来绘制曲线。

    这个图像是真实读取的,它代表了为所有aligners测试找到良好参数的尝试。

    Untrimmed reads comparison

    that bwa-meth last last last last perform trimming trimming trimming 。

    每个方法的run.sh 脚本如下: 我已经尽力让每种方法都能最佳执行,但是无疑有改进的效果。

    快速入门

    如果没有安装,你可以作为 python bwameth.py 使用安装,命令是 bwameth.py

    命令:

    bwameth.py index $REF
    bwameth.py --reference $REF some_R1.fastq.gz some_R2.fastq.gz> some.output.sam

    将创建 some.output.bamsome.output.bam.bai 。 若要对齐单个结束读取,请只指定 1个文件。

    请参见以下的完整示例: https://github.com/brentp/bwa-meth/tree/master/example/

    安装

    以下代码Fragment适用于安装了samtools和bwa的大多数系统以及安装 python 包的能力。 ( 或者,你可以将它发送到你的系统。 有关进一步说明,请参见下面的依赖项部分:

    # these 4 lines are only needed if you don't have toolshed installed wget https://pypi.python.org/packages/source/t/toolshed/toolshed-0.4.0.tar.gz
     tar xzvf toolshed-0.4.0.tar.gz
     cd toolshed-0.4.0
     sudo python setup.py install
     wget https://github.com/brentp/bwa-meth/archive/master.zip
     unzip master.zip
     cd bwa-meth-master/
     sudo python setup.py install

    之后,你应该能够运行: bwameth.py 并查看帮助。

    依赖项

    bwa-meth 依赖于

    用法

    索引

    只有一次,你需要索引引用序列。

    bwameth.py index $REFERENCE

    如果引用是 some.fasta,这将创建 some.c2t.fasta 和所有与之关联的bwa索引。

    对齐

    bwameth.py --threads 16 
     --reference $REFERENCE 
     $FQ1 $FQ2> some.sam

    输出将通过正确的位置( 从G => 翻转引用) 读取。

    正确处理剪裁对齐和 indels 。 Fastqs可以压缩或者不压缩。

    上命令将被发送到 BWA,以完成如下操作:

    bwa mem -L 25 -pCM -t 15 $REFERENCE.c2t.fa 
     '<python bwameth.py c2t $FQ1 $FQ2'

    因此转换后的读取直接流到 bwa,写入磁盘 。 来自 bwa-meth的输出被修改并直接流到bam文件。



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